İsa çarmıha gerilirken Aziz John'dan annesi Meryem Ana'ya bakmasını istedi. Bazen Havari Yahya, Müjdeci Yahya ve Patmoslu Yahya olarak da anılan Yuhanna, vaadini yerine getirerek, ona kalan günlerini geçireceği Efes'e kadar eşlik etti. Evi, ana şehir kalıntılarından sadece birkaç kilometre uzakta görülüyor.
Aziz John, vaaz verdiği için İmparator Domitian tarafından Vahiy Kitabını yazdığı Patmos'a sürgüne gönderildi. Daha sonra müjdesini yazdığı Efes'e dönmesine izin verildi. 100 yaşına kadar yaşadı, İsa'nın havarilerinden yaşlılıktan ölen tek kişi oldu ve vasiyeti üzerine Efes'e yaklaşık 3 km uzaklıktaki Selçuk kalesinin daha sonra yapıldığı zirvenin hemen altındaki Ayasuluk Tepesi'ne gömüldü. Mezarı, bir zamanlar vaaz verdiği Antik Dünyanın Harikalarından biri olan Artemis Tapınağı'nın görüş alanı içindedir.
15. yüzyılda bir depremle yıkılan St. John Bazilikası'nın bugünkü kalıntıları, onun mezarı için inşa edilen üçüncü kilisedir. İlki küçük bir kiliseydi ve daha sonra yerini daha büyük, ahşap çatılı bir bazilika aldı. Bunun yerini 6. yüzyılda İstanbul'da Ayasofya'yı da yaptıran İmparator Justinianus aldı.
Bazilika, Bizans haçı şeklindeydi ve altı büyük kubbeyle örtülmüştü; dört sütunla desteklenen ana kubbe, türbenin hemen üzerindeydi. Avludaki sütunlarda İmparator Justinianus ve eşi Theodora'nın tuğraları yer almaktadır. Kullanılan taş ve tuğla yapım tekniği, zamanında son derece nadirdi. Nefin kuzeyindeki anahtar deliği şeklindeki vaftizhane 5. yüzyılda inşa edilmiştir. Kubbelerin tabanları ve içleri mozaiklerle süslenmiş, sütunlar çok çeşitli renklerde mermerle kaplanmıştır. İsa'yı Aziz John ve başka bir azizle tasvir eden 10. Yüzyıl freskleri hala görülebilmektedir. Arap akıncılarından korunmak için 7. ve 8. yüzyıllarda kilisenin çevresine takviye duvarlar eklendi. Bazilikanın üç ana girişi vardı ve 20 kule tarafından gözden kaçırılıyordu.
Mermer kaplı bir delikten çıkan tozun mucizevi iyileştirici güçlere sahip olduğuna inanılıyordu ve bu, hacıları uzaktan Orta Çağ'a kadar çekmiş ve kiliseyi Hıristiyan aleminin en çok ziyaret edilenlerinden biri haline getirmiştir.
