Selçuk'ta 1934 yılında restore edilerek tekrar ibadethane olarak kullanılan İsa Bey Camii, Selçuk Kalesi'nin taçlandırdığı Ayasuluk Tepesi'nin zirvesinin hemen altında, Aziz John Bazilikası kalıntılarının bitişiğindedir. Başlangıçta hem ibadethane hem de kervansaray olarak kullanılmış.
1375 yılında Şamlı mimar Şamlı Dimişlioğlu Ali tarafından, Aydınoğlu İsa Bey (İsa) onuruna, yakındaki Efes ve Artemis Tapınağı kalıntılarından alınan taş kullanılarak Selçuklu Anadolu tarzında inşa edilmiştir.
Üslubunun en güzellerinden biri olmasının yanı sıra geniş bir avluya sahip en eski camidir. Selçuk- Türk mimarisinin tipik özellikleri, iki merkezi kubbesi, iki yan nefi, pencere söveleri, mozaikleri ve boyalı İznik çinileridir. Caminin iki kapısı vardır; biri doğuda, diğeri batıda kaligrafik yazıtlar ve taş işçiliğine oyulmuş geometrik desenlerle süslenmiş mermer kaplı bir duvardan geçer.
Arapça yazılı çok eski bazı mezar taşlarının bulunduğu avlu, ibadet öncesi yıkanmak için merkezi bir şadırvana sahiptir ve 12 revaklı sütunla çevrilidir. Caminin iç kısmında cemaate bakan bir kürsü ve herkesin namaz için yüzünü Mekke'ye çevirmesi gereken yönü gösteren bir mihrap veya niş vardır.
İsa Bey Camii'nin aslen iki minaresi vardı; ayakta kalan sekizgen kaide üzerine tuğladan inşa edilmiştir. Balkonun üzerindeki üst kısmı 16. yüzyıldaki bir depremde hasar görmüştür. Daha önce yıkılan doğu minaresinden geriye hiçbir şey kalmamıştır. Bugün baharda, hoparlörlerden gelen ezan seslerinden habersiz minarede yuva yapan leylekler görülüyor.
Caminin bitişiğinde Selçuklu dönemine ait sekizgen taş ve tuğladan yapılmış, piramit çatılı bir türbe vardır.
